「三浦三崎港 上野店」を訪れる上で最大の関門となるのが混雑状況と待ち時間の長さです。土日祝日のランチピーク時（11:30〜14:30）や夕食時（17:30〜19:30）には、店舗前の歩道に20人から40人規模の行列が形成され、待ち時間が60分から90分以上に及ぶことも珍しくありません。
確実に行列を回避するためのポイントは以下の通りです。
- 平日のアイドルタイム（14:30〜16:30）を狙う：ランチ客が捌け、ディナー前の時間帯は比較的列が短く、10分〜15分程度の待ち時間で入店できる確率が高まります。
- 開店直前（10:45前後）の到着：1巡目（約20名）の枠に入ることができれば、開店と同時にスムーズに着席可能です。
- 事前予約の可否：同店は一般的な席予約に対応していません。完全先着順での案内となるため、混雑ピークを物理的に外す時間配分が必須です。
- テイクアウト（持ち帰り）の活用：「並ぶ時間がないが名物の味を楽しみたい」という場合、テイクアウトの注文を活用すれば、長時間の行列に並ぶことなくホテルや自宅で楽しめます（混雑時は受け取りまで一定の調理時間がかかります）。
