太田市休泊行政センターを利用する上で、最も誤解が生じやすいポイントが受付時間と休日の対応状況です。行政手続き窓口と、併設されている地域コミュニティ施設（公民館）とでは運用時間が明確に分かれています。
太田市休泊行政センター 開館時間において、戸籍や税の証明発行を行う一般行政窓口は平日午前8時30分から午後5時15分までの運用となっています。毎週土曜日、日曜日、国民の祝日、および年末年始（12月29日〜翌年1月3日）は窓口が閉鎖されており、太田市休泊行政センター 土日・休日窓口は常設されていません。「休日に住民票を取りに行ったら閉まっていた」という声は少なくありません。
週末に公的証明書が必要となった場合、太田市役所本庁舎で開設されている日曜窓口を利用するか、マイナンバーカードを用いた全国のコンビニエンスストアにおけるマルチコピー機交付（6時30分〜23時00分）を活用するのが賢明な選択肢です。一方で、併設の集会施設・公民館エリアについては、予約承認を受けた団体に限り平日・休日を問わず午前8時30分から午後10時00分までの夜間利用が可能となっています。
