シリーズ後続作プレイヤーが初代エグゼに触れて最も驚くのが、「フォルダ構築ルールの自由度と無法ぶり」です。エグゼ2以降で導入されたメガクラス・ギガクラスの制限や同名チップ4枚制限が存在せず、「強力なチップであっても同名チップを最大5枚まで投入可能」という狂気の仕様になっています。
しかし、エグゼ1には後続作でおなじみの「どのチップとも繋がるワイルドカード（コード＊）」が存在しません。そのため、コードの種類を2種類から最大でも3種類以内に絞り込まなければ、戦闘中にチップが手札で詰まり、テンポが崩壊します。この特性を踏まえた最強フォルダの代表例が以下の2系統です。
1. 「スカルマン・ダイナマン連打型」超速攻フォルダ
コード「S」または「D」で統一し、暗転して無敵時間中に大ダメージを与えるナビチップ（スカルマンやダイナマン）を5枚満載する構成です。カスタム画面が開いた瞬間にナビチップを連続選択するだけで、相手に一切の行動を許さず1000以上のダメージを叩き出します。
2. 「ポイズンアヌビス＆エリアスチール」拘束型フォルダ
ウラインターネットで入手できる設置型暗黒チップ「ポイズンアヌビス」を主軸にした構成です。相手のエリアをエリアスチールで極限まで狭めた後、奥にアヌビスを配置。毎秒猛烈なスリップダメージを与えつつ、自身はインビジブルで身を守るだけであらゆるボスが数秒で消滅します。
さらに、特定の順番でチップを同時選択することで発動するプログラムアドバンス一覧の中でも、初代における最強格が「ドリームソード」と「パワードキャノン」系です。
- ドリームソードβ（コード：L / M / N）：「ソード」＋「ワイドソード」＋「ロングソード」の順で選択。前方縦2列×横3マスの広範囲に大ダメージを一網打尽に叩き込みます。
- ガッツシュート（コード：G）：「ガッツマン」＋「ダッシュアタック」の連携。ガッツマンがロックマンを投げ飛ばし、直線上の敵に強烈な一撃を見舞います。
- ゼータキャノン系：同一コードのキャノン系を連続選択することで、一定時間無敵かつキャノン撃ち放題状態へ突入します。
