店頭の全メニューが持ち帰り可能と誤解されがちですが、衛生管理および品質保持の基準により「テイクアウト不可のメニュー」が厳格に定められています。
代表例が、丸亀製麺の代名詞ともいえる「釜揚げうどん」です。釜揚げうどんは茹で湯と一緒に桶で提供する特性上、麺が急速にふやけてしまうため持ち帰り不可となっています。また、「生玉子」を使用するメニュー（温玉への変更で持ち帰り可能になるケースあり）や、一部の繊細な季節限定とろみ・あんかけうどんも対象外となることがあります。
さらにネット上で頻繁に議論されるのが「ネギ・天かす・生姜の薬味持ち帰り問題」です。店内飲食ではセルフバーで自由に盛り付けられる薬味ですが、持ち帰り時には店舗オペレーションによって「スタッフが専用の小袋や小分けカップで適量を提供する形式」に統一されている店舗が増加しています。衛生面への配慮およびフードロス対策としての措置ですが、店内同様に大量のネギを持ち帰ろうとしてトラブルになる事例も散見されるため、各店舗のルールを遵守することが不可欠です。
