航空会社を選ぶうえで最もシビアにチェックされるのが定時性と運航の安定性です。FDAの欠航率や遅延傾向について、国土交通省が定期公表している「特定本邦航空運送事業者に関する航空輸送サービスに係る情報」などを確認すると、年間を通じた欠航率は大手航空会社（JAL・ANA）と遜色ない水準（概ね1〜2％前後）で推移しています。決して極端に便が落ちやすいわけではありません。
それにもかかわらずフジドリームエアラインズの遅延理由として不満が挙がりやすいのには、同社ならではの運用構造があります。
FDAが運航する機材は1機の飛行機が1日に複数の地方都市間をピストン運航（連続して往復）しています。そのため、午前中の就航地（例えば濃霧が発生しやすい松本空港や、冬場の降雪に見舞われる青森空港・山形空港など）で一度天候調査や出発遅れが発生すると、その影響が夕方以降の別路線へ玉突き式に波及してしまう構造的な弱点があります。
さらに、利用する地方空港は滑走路が1本しかないケースが多く、悪天候時の着陸やり直し（ゴーアラウンド）や目的地変更（ダイバート）が発生しやすい環境にあります。最新のフジドリームエアラインズの運航状況は公式サイト上で随時更新されているため、天候が崩れやすい季節に搭乗する際は、事前の状況確認が欠かせません。
