発酵食品に対する過度な信仰から、「発酵調味料＝完全無欠の健康食」というイメージが先行しがちですが、現場の管理栄養士や調理専門家が警鐘を鳴らす盲点も存在します。メリットだけでなく、デメリットの真相を正しく把握しておく必要があります。
第一の落とし穴は、市販の加塩発酵調味料における「見えない塩分過多（塩分トラップ）」です。一般的な料理本や料理レシピアプリの分量は、「本みりん（塩分0%）」や「純米清酒（塩分0%）」を基準に設計されています。そこに加塩タイプの発酵調味料をそのまま大さじ2杯（約30ml）投入した場合、それだけで約0.6〜0.8gの食塩が無自覚に追加されます。厚生労働省が定める日本人の食事摂取基準（2025年版でも男性1日7.5g未満、女性6.5g未満）を考慮すると、日々の微小な積み重ねが高血圧などの生活習慣病リスクを高める要因になります。
第二の誤解は、「発酵調味料を使えば生きた菌が腸に届く」という説です。加熱調理を行う煮物や炒め物では、麹菌や乳酸菌の多くは死滅します。ただし、死菌となった菌体成分そのものが腸内善玉菌のエサや免疫刺激物質（パラバイオティクス）として働くため無意味ではありませんが、「生菌が生きて腸まで届く」という言説は科学的には誇大です。
第三に、自家製発酵調味料における雑菌汚染リスクです。SNS上で話題の「常温放置で作る麹調味料」ですが、仕込み時の容器消毒が不十分であったり、塩分濃度が10%未満と低すぎたりする場合、黄色ブドウ球菌やセレウス菌などの食中毒菌が繁殖する危険があります。減塩を意識するあまり塩分濃度を下げすぎると、発酵ではなく「腐敗」が進んでしまう点は厳重に注意しなければなりません。
