高校編の行方を占う上で最大の焦点となるのが、中学編ラストで示されたキャラクターたちの進路です。静央シニアのエースとして急速な進化を遂げ、全国大会（ジャイアンツカップ）で伝説的な死闘を繰り広げた石浜文吾。そして天才打者としてチームを牽引した野田幸雄の二人が、どの高校のユニフォームに袖を通すのかは長年の読者の関心事でした。
中学球界の逸材たちには、全国屈指の名門である翔石高校をはじめとする強豪校からの猛烈なスカウト合戦が繰り広げられました。本編クライマックスからWeb掲載の『BUNGO-unreal-』へと続く展開の中では、同じ高校に進学して共に頂点を目指すのか、あるいは別々の道を選んで甲子園の舞台でライバルとして激突するのかという葛藤が生々しく描かれています。
読者の間では「2人がバッテリーを組む姿を見たい」という期待と、「敵同士として雌雄を決する構図こそがスポーツ漫画の醍醐味」という意見が真っ向から対立。作中で提示された進路の選択は、まさに高校編における最大のドラマを生み出すための布石となっています。
