作中で世間やLに大きな衝撃を与えた暗号は、3人の囚人が残したメッセージを横読みすることで完成する仕掛けになっていました。
囚人たちが残したとされるメッセージは以下の3つです。
- 1人目の囚人（白畑四郎）：「え・る・し・っ・て・い・る・か」
- 2人目の囚人（小野坂徹）：「し・に・が・み・は」
- 3人目の囚人（中岡重見）：「り・ん・ご・し・か・た・べ・な・い」
これらを順に読むと、「エル知ってるか 死神はりんごしか食べない」というセンセーショナルな一文が完成します。死神界からノートを持ち込んだ夜神月 リュークの会話の中で、リュークが異常な執着を見せる「りんご」の存在を作中ギミックとして見事に落とし込んだ、アニメ デスノート 名シーンの一つとしても名高い場面です。
しかし、この暗号の真の恐ろしさは単なる挑発メッセージに留まらない点にあります。月はわざと「死神は手の赤い恐田奇一郎を知っている」など、囚人が物理的・情報的に知り得ない不可能な行動を指定し、ノートの力で「不可能による心臓麻痺」を起こさせる実験も同時に行っていました。Lに対して「キラは囚人の行動を操れる」「警察の内部情報（Lという存在）を知っている」と敢えて悟らせることで、捜査本部を攪乱し、警察内部に疑心暗鬼を生じさせるという、L 夜神月 心理戦の布石だったのです。
