『少女コマンドーIZUMI』のプロットは、当時の少女向けドラマとしては異例なほどシリアスかつダークなトーンで貫かれていました。
主人公・五石いづみ（五十嵐いづみ）は、不良少女だった過去を持つ普通の女子高生でしたが、ある日突然謎の組織に拉致されます。連れ去られた孤島で彼女を待っていたのは、コードネーム「サバイバルマスター」による過酷極まる戦闘訓練でした。記憶を消され、生きた殺人兵器「コマンドー」として仕立て上げられたいづみは、組織の施設から命がけで脱出に成功。失われた記憶と自らの出生の秘密、そして行方不明となった母を探すため、東京の闇に潜む巨大犯罪組織へと孤独な戦いを挑んでいきます。
逃亡生活の中で、彼女の正体を知りながらも人情味あふれる視線で見守る刑事・藤林伸太郎（地井武男）や、情報屋の美登利（桂木文）らとの出会いを経て、いづみは人間性を取り戻していきます。しかし、次々と送り込まれる組織の刺客たちとの戦闘は激化の一途を辿りました。
そして迎えた第15話「いづみ・最後の戦い」（最終回）。急遽決定した短縮スケジュールのため、伏線回収は極めてスピーディーに行われました。いづみは自らを改造した黒幕との直接対決に挑み、激しい銃撃戦とトラップの応酬の末に敵幹部を撃破。しかし、背後に蠢く国際的組織の完全壊滅には至らず、自身の過去の謎もすべてが解明されたわけではありませんでした。刑事の藤林に見送られながら、自らの運命を受け入れたいづみは、残党との果てしない戦いへと再び姿を消すという、ハードボイルド映画さながらのビターエンドで幕を閉じました。
