「取り逃がしやすい強力ユニット」の代表格であるナイチンゲールやマジンガーZEROは、出現の仕組みそのものが従来のスパロボシリーズとは一味違います。多くのプレイヤーが取り逃がしてしまう根本的な原因は、シークレットシナリオの発生トリガーとエースパイロット数の掛け合わせを正しく理解していない点にあります。
まず、赤い彗星の象徴であるナイチンゲール。本機の獲得には、第35話終了時点でアムロとシャア（クワトロ）の両名が撃墜数60以上のエースパイロットに到達していることが事実上の足切りラインとなります。さらに第35話で「宇宙世紀世界（宇宙ルート）」を選択し、第38話「死線上のキマイラ」においてシャアで特定のライバル（ヤザンやレーン）を直接撃破することで、ステージクリア後にシークレットシナリオ「赤い彗星の矜持」が解放されます。この特別マップをクリアすることで、本来なら手に入らないナイチンゲールが即座に戦線配備される設計です。
一方、終焉の魔神マジンガーZEROの自軍運用は、スパロボ史上でも屈指のロマン要素です。フラグの根底にあるのは兜甲児と剣鉄也の絆とライバル意識。第28話「闇と光」までに2人の合計撃墜数を80以上（単独なら各40以上を目安）に引き上げ、同話内で甲児が敵として立ちふさがるマジンガーZEROのHPを一定値以下まで削る戦闘前イベントを確実に起こす必要があります。この布石を打っておくことで、終盤第51話において甲児がマジンガーZEROを完全に掌握し、自軍ユニットとして「ファイナルブレストノヴァ」を叩き込めるようになります。
そして忘れてはならないのが、ヤマトの「波動砲解禁ルート」です。宇宙戦艦ヤマトが物語の主軸を担う本作において、沖田艦長が誓った「波動砲を使わない」という戒めを解くかどうかは、プレイヤー自身の決断に委ねられています。第50話終了時点で自軍にエースパイロットが25名以上（難易度ビギナーズモードなら不要な場合あり）存在することが真ルート進出の絶対条件。この条件を満たしたうえで第50話の選択肢を誤らなければ、最終決戦でヤマトの波動砲が咆哮し、失われたはずの最強火力が戦場を焦土に変えます。
