滋賀県軟式野球連盟で公式戦に出場するためには、全日本軟式野球連盟（JSBB）の公式登録システムを通じた厳格な手続きが義務付けられています。新規加盟や年次更新を行う際、滋賀県軟式野球連盟 登録方法の手順を誤ると、春の公式戦エントリーに間に合わないという重大な事態を招きかねません。原則として、毎年1月下旬から2月中旬にかけてチーム登録および選手・指導者の個別登録を行い、登録料の納付と公認指導者資格の証明書提出を完了させる必要があります。
この組織基盤を地域レベルで支えているのが、県下各地に置かれた各支部です。中でも最大の登録チーム数を抱えるのが滋賀県軟式野球連盟 大津支部です。県庁所在地を管轄する大津支部は、皇子山球場をはじめとする中核施設を抱え、一般から学童まで多層的な予選を独自に統括しています。このほか、草津、甲賀、近江八幡、彦根、長浜など各支部が地域密着の大会運営やグラウンド確保に奔走しており、チームは必ず自らの活動拠点がある支部に所属して手続きを進めるルールとなっています。
また、公平な試合運営に不可欠な存在が滋賀県軟式野球連盟 審判部です。近年、全国的に審判員の高齢化と担い手不足が深刻化する中、滋賀県連盟では公認審判員の育成と若手発掘に注力しています。毎年シーズン開幕前には厳格な実技・座学講習会を実施し、投球判定の基準統一、走塁妨害・守備妨害の厳格な見極め、さらには高校野球界とも連動した最新の公認野球規則へのアップデートを徹底しています。審判部の献身的なジャッジメントなくして、週末の膨大な公式戦スケジュールを安全かつ公正に消化することは不可能です。
