頭之宮四方神社に到着したら、通常の二礼二拍手一礼の参拝に加えて、境内特有の神気宿るスポットを順序立てて巡ることが推奨されます。
本殿参拝後に必ず立ち寄りたいのが、境内の一角にある「頭之石（かさねいし・撫で石）」です。この丸みを帯びた神石を手で優しく撫で、その手で自身の頭や顔、改善を願う患部（目や耳など）に触れることで、神石に宿る霊妙なエネルギーを身体へと授かることができます。受験生であれば「思考力向上」、シニア層であれば「頭脳明晰・健康長寿」を念じながら撫でるのが作法です。
また、社務所で授与されるお守りや御朱印も独自性に富んでいます。
- 頭之守（あたまのおまもり）：頭脳明晰と健康を祈願した代表的なお守り。桐箱入りや携帯しやすい錦袋型が用意されています。
- 合格・知恵守り：学業成就や各種試験合格に特化したお守りで、筆箱や通学鞄に付ける受験生が多数を占めます。
- 特徴的な絵馬：「頭」の文字が力強くあしらわれた絵馬や、志望校名を明記する合格絵馬が境内一面に奉納されています。
- 御朱印：通常御朱印に加え、四季折々の風景や行事をあしらった限定御朱印、美麗な切り絵御朱印が頒布されることがあり、御朱印巡りの愛好家からも高い評価を得ています（初穂料：500円〜1,000円程度）。
