単行本第14巻には、本編終了後の描き下ろし短編として番外編「EXTRA STAGE：夏色のエチュード」が収録され、ファンの間で凄まじい衝撃を呼びました。このエピソードでは、1998年の京都大学を舞台に、16歳で飛び級入学した若き日の真希波・マリ・イラストリアスが登場します。
作中でマリは、研究室の先輩である碇ユイに密かな憧れと対抗心を抱いており、ユイと付き合い始めた六分儀ゲンドウ（後の碇ゲンドウ）に対して複雑な感情を抱く様子が描かれました。イギリスへ留学する直前、マリはユイから眼鏡を譲り受け、ユイの髪を解いて自らのツインテールを完成させます。
この短編は、新劇場版シリーズで突如として主要キャラクターとなったマリの出自や、なぜ彼女がゲンドウやユイを旧知のように知っていたのかという最大のミステリーを補完する重要なピースとなりました。漫画版の本編自体にはマリは登場しませんが、貞本氏の手によって描かれたこの過去編は、エヴァンゲリオンという巨大な物語の深淵を読み解く決定打となっています。
