長崎日本大学高等学校の偏差値帯を俯瞰すると、設置コースによって明確な学力グラデーションが存在することが分かります。県内模試や大手進学塾の最新集計によると、最難関国公立大学や難関私大・医学部進学を目指す「プログレスコース」は偏差値59〜61前後を推移しており、県央・県南地区の公立上位校（諫早高校や長崎北陽台高校など）の併願先として位置づけられています。
一方で、日本大学への進学や幅広い私立大進学を視野に入れる「エクセレンスコース」「総合進学コース」は偏差値48〜52前後、専門技能を育む「デザイン美術科」は偏差値46〜48前後が合格の目安です。一口に「長崎日大」と括っても、所属するクラスによって日々の授業深度や学習進度は大きく異なります。
入試倍率の推移に目を向けると、推薦入試および特別奨学生入試での早期囲い込みが定着した結果、一般入試の実質倍率は1.1〜1.3倍程度と比較的落ち着いた数値を示しています。しかし、長崎日大プログレスコースの難易度に関しては数字以上の警戒が必要です。定員が厳格に管理されている特進クラスでは、奨学生採用枠を狙う上位層の出願が集中するため、ボーダー付近の受験生にとっては1点の失点が合否を分ける緊迫した争いが続いています。
