リーグ戦とは異なり、天皇杯やルヴァンカップの決勝トーナメント、高校選手権やワールドカップなどのノックアウト方式では、同点で90分を終えた際に勝敗を決する特別ルールが適用されます。
延長戦の基本規定は「前後半各15分の計30分」です。かつて採用されていた「ゴールが入った時点で即試合終了となるゴールデンゴール（Vゴール）方式」や「延長前半終了時にリードしていれば終了となるシルバーゴール方式」はすでに全廃されており、現在は得点が入っても必ず前後半30分間をフルに戦い抜くルールとなっています。
延長戦でも勝敗がつかない場合は「ペナルティキック戦（PK戦）」へと突入します。PK戦の進行ルールと時間配分は以下の流れで行われます。
- 延長戦終了からPK戦開始まで：約5分間の準備・コイントス
- 基本キッカー数：両チーム5人ずつが交互にキック（AB方式）
- 勝敗決定条件：5人終了時点で得点数が多いチームの勝利。5人未満でも片方が追いつけない点差になった時点で終了。
- サドンデス方式：5人終了時点で同点の場合、6人目以降は1人ずつ蹴り、差がついた時点で終了。
90分で決着した場合、延長戦突入時、PK戦突入時それぞれのタイムスケジュール目安は以下のシミュレーションのようになります。
- 90分で決着した場合：試合終了まで約1時間55分〜2時間00分
- 延長戦で決着した場合：90分終了後のインターバル5分＋延長30分＋延長ハーフタイム・アディショナルタイム等＝約2時間35分〜2時間45分
- PK戦まで突入した場合：PK戦の準備および10〜14人のキック試行（約10〜15分）＝約2時間50分〜3時間05分
ノックアウト方式のカップ戦を観戦する際は、キックオフから最長で3時間超の試合展開になり得ることを前提に行程を組む必要があります。
