事業所整理記号の理解を複雑にしている最大の要因は、紙書類の形式と電子申請システムのデータ構造にギャップが存在する点です。制度上、厚生年金保険の事業所整理記号は「数字2桁＋カタカナまたは英数字4桁以内」あるいは昔ながらの「漢字＋ひらがな」で表されます（例：「01-イロハ」「渋-あ」など）。
しかし、e-Govやマイナポータルを通じた電子申請画面では、この表記をそのまま入力できないケースがあります。日本年金機構の電子申請手引書によると、届出データを作成する際は以下の要素に分解して指定する必要があります。
・都道府県コード：事業所の所在地を示す数字2桁（例：東京都は「13」）
・郡市区符号：管轄年金事務所等を示す数字2桁（例：「01」など。新規適用時などは「00」入力の例外あり）
・事業所記号：従来のカタカナや英数（全角または半角のシステム要件に従う）
さらに、事業所整理記号の桁数は加入する医療保険組織によっても差異が生じます。協会けんぽでは数字とカナの組み合わせが一般的ですが、単一企業や業界ごとの健康保険組合（単一健保・総合健保）では、完全な独自採番（数字4〜8桁のみなど）を採用している組織が珍しくありません。自社がどの保険者に属しているかを踏まえてフォーマットを見極める必要があります。
