海の生き物を間近で観察したいシュノーケリングファンにとって、瀬底ビーチは外せないスポットです。ただし、安全管理の観点から明確な利用ルールが敷かれています。遊泳区域内にはクラゲ防止ネットが設置されており、監視員が常駐する公式遊泳期間（例年4月上旬〜10月下旬）は安心して海水浴を楽しめます。
シュノーケリングを行う際の注意点として、クラゲネット内でのシュノーケル・フィンの使用はライフジャケットの着用が推奨（または義務付け）されているケースが一般的です。また、ネットの外側はサンゴ礁が美しく魚影も濃いエリアですが、外洋からの離岸流（リップカレント）が発生しやすいため、個人での無謀なネット外エントリーは重大な事故につながる危険があります。ネット外のポイントを巡りたい場合は、監視員付きのオプショナルツアーやマリンアクティビティを利用するのが鉄則です。
