立地の良さゆえに、時間帯によっては長い入店待ちが発生します。特に平日の12時〜13時半のランチタイムや、金曜・土日祝日の18時〜21時は満席が続き、店頭で30分〜1時間以上の待ち時間が出ることも珍しくありません。また、深夜24時前後の終電逃し組が集中するタイミングも突発的な混雑が見られます。
この混雑を賢く回避するために欠かせないのが、びっくりドンキー公式アプリの来店予約・順番待ち受付システムです。来店前に日時指定予約を入れておくか、移動中にリアルタイムの待ち組数を確認して「今すぐ順番待ち」にエントリーしておくことで、店頭での滞留時間を劇的に圧縮できます。