ガンダムファンの間で最も激しい議論を呼んできたのが、「サンダーボルトは宇宙世紀の正史なのか、それともパラレルワールドなのか」という問題です。
本作には、一年戦争末期（宇宙世紀0079年）の段階で、明らかに従来の公式設定を凌駕する超技術が登場します。全身にスラスターと予備アームを多数備えたフルアーマーガンダム（サンダーボルト版）や、水陸両用機として異次元の機動力を誇るアトラスガンダム、さらには球体関節や関節シーリング処理など、アニメ『機動戦士ガンダム』本編とはメカニックの技術体系が大きく乖離しています。
この点についてサンライズのプロデューサー陣や太田垣氏自身は、「サンダーボルトは、太田垣康男というクリエイターの視点を通して描かれた独立した解釈の宇宙世紀（パラレルワールド）」であることを明言しています。公式のアニメ年表に厳密に組み込まれる本流作品（『第08MS小隊』や『0083』など）とは異なり、あえて「正史の制約」を取り払うことで、現代の読者に耐えうる圧倒的リアリズムとハッタリを効かせた兵器描写を実現しているのです。
特にアトラスガンダムの性能に関しては、背部の「サブレッグ」による大気圏内単独飛行能力や、レールガンによる超長距離狙撃など、0080年代初頭の技術水準としては異例のスペックを誇ります。しかし、この「正史に縛られない自由な解釈」こそが、既存のガンダムの枠に囚われない予測不能なサスペンスと熱狂を生み出すエンジンとなっているのは間違いありません。
