一連の医療事故は、院内の処分だけでは収束せず、司法の場へと持ち込まれました。重度の後遺障害を負った患者およびその遺族は、赤穂市（赤穂市民病院の開設者）および執刀した医師個人を相手取り、多額の損害賠償を求める民事訴訟を提起しました。法廷では、手術手技の適切性やインフォームドコンセント（説明と同意）の妥当性、さらには病院側の安全配慮義務違反が厳しく問われています。
さらに事態は民事上の争いにとどまらず、兵庫県警に対する業務上過失傷害容疑での刑事告訴へと発展しました。日本の医療過誤において医師個人が刑事責任を問われるハードルは極めて高いとされていますが、本件においては「明らかな技量不足を認識しながら漫然と危険な手術を強行した過失」の重大性が捜査機関によって慎重に精査され、書類送検などの法的手続きが進められました。
民事裁判の過程では、赤穂市側が一部の過失を認めつつも責任の範囲を巡って争う姿勢を見せる一方、被告となった医師側は過失を全面的に否定するなど、主張の隔たりが浮き彫りとなっています。被害者側弁護団は「単なる過失ではなく、予見可能性がありながら回避措置を講じなかった明白な違法行為」として徹底追及を続けており、司法判断が医療界に与える先例としての重みが注目されています。
