公開当時、『黄金のスパイ大作戦』は「おなら」というストレートな下ネタが前面に出ていたことから、一部で好みが分かれる評価を受けることもありました。しかし、近年の歴代おすすめランキングやファンコミュニティでは、「隠れた超名作」「脚本の構成力が異常に高い作品」として極めて高い評価を獲得しています。
映画情報サイトやレビュープラットフォームにおける主な反響を分析すると、以下のようなポイントが絶賛されています。
「ギャグのバカバカしさとドラマのシリアスさの落差が完璧」「子どもが親の顔色を伺って生きることの苦しさを、しんちゃん映画が見事に描いている」「ひろしとみさえの言葉が親として胸に刺さる」など、親世代からの支持が圧倒的に高いのが特徴です。
『オトナ帝国の逆襲』や『戦国大合戦』のようなストレートな感動作とはアプローチが異なり、徹底したスパイパロディと子どもらしいギャグの皮をかぶりながら、核心部分で鋭い家族論を突きつける。この二重構造こそが、映画クレヨンしんちゃんシリーズの真骨頂であり、いまなお語り継がれる理由です。