東日本大震災からの「復興五輪」を象徴する場所として、出発地には福島県のサッカーナショナルトレーニングセンター「Jヴィレッジ」が選定されました。第1走者を務めたのは、2011年女子ワールドカップで優勝を果たしたサッカー日本女子代表「なでしこジャパン」のメンバーと佐々木則夫監督でした。
聖火はその後、栃木、群馬、長野と南下し、日本列島を網羅するルートを進行。各自治体では名所旧跡や世界遺産、復興の歩みを示すインフラなどを組み込んだ「都道府県別ルート」が綿密に策定されていました。しかし、2021年春から夏にかけての感染再拡大に伴い、多くの自治体で当初計画の変更を余儀なくされました。
愛媛県松山市や大阪府、東京都などでは、一般公道での走行が全面的または部分的に取りやめとなり、立ち入り制限を設けた公園や競技場での「点火セレモニー」および走者同士が聖火を受け渡す「トーチキス」のみの無観客実施へと切り替えられました。