レジェンドステージは、複数の階層構造と難易度（★1〜★4の王冠システム）によって構成される本作のエンドコンテンツです。アップデートの積み重ねにより、単一のストーリーラインにとどまらず、プレイヤーの進行度に応じた多層的な挑戦領域が形成されています。
全体の骨格を成すのは、以下の3大ストーリーラインです。
第1層となる「旧レジェンドストーリー（レジェンドストーリー）」は、「伝説のはじまり」から「古代研究所」までの全49章で構成されます。ここでは赤、黒、浮いてる敵、天使、エイリアン、ゾンビといった基本属性への対応力が試され、最終章のクリアによって「古代種」への対抗手段や新キャラクターの獲得ルートが開かれます。
第2層の「真・レジェンドストーリー」では、古代種が本格的に猛威を振るうだけでなく、「古代の呪い」によって味方の特性が封じられるギミックが常態化します。ここを突破することで、EXキャラクターの第3・第4形態進化権や、強力なドロップ報酬（ナーラ、イディ、ソクラテスなど）が入手可能になります。
そして第3層として君臨する「零レジェンドストーリー」では、新属性「超賢者」の登場により、従来の妨害効果（停止やふっとばしなど）を軽減・無力化するギミックが本格導入されました。属性特化キャラを並べるだけの単調な編成は通用せず、純粋なステータス勝負と緻密な出撃タイミングが要求される環境へと進化しています。
