平壌地下鉄を語る上で欠かせないのが、インターネットや軍事情報筋の間で長年囁かれてきた「秘密路線（地下3号線・軍事専用線）」の噂です。
数々の脱北高級幹部の手記や韓国情報機関（国家情報院）の分析レポートによると、一般に公開されている千里馬線・革新線のさらに下層、あるいは市街地地下深くに、朝鮮労働党中央本部（通称15号官邸）や国防省、地下指揮司令部、平壌順安国際空港、さらには平壌郊外の軍事拠点を結ぶ極秘の地下トンネルネットワークが存在するとされています。
この秘密路線に関する主な証言・分析ポイントは以下の3点に集約されます：
- 指導部脱出用ルート：有事の際、最高指導者一族および軍首脳部が地上の空爆を完全に回避し、地下から専用列車で郊外の地下要塞や滑走路へ脱出するための直通線路。
- 一般路線との交差・連絡線：一般営業路線の終端部やトンネル途中にある重厚な鉄扉の奥に、軍事用引き込み線や予備線が隠蔽されているという構造上の証言。
- 未成線・計画線の転用：1980年代に大同江を渡る地下トンネル工事中に大規模な出水・崩落事故が発生し、建設が放棄または軍事目的に用途変更された区間が存在するという説。
これらの全貌は国家最高機密であるため、一般の地図や路線図に記載されることはありません。しかし、平壌という都市全体が「地上のプロパガンダ都市」と「地下の巨大要塞都市」という二重構造で設計されている事実を鑑みれば、民間営業路線とは隔絶された軍用地下トンネル網が存在することは極めて論理的かつ現実的な帰結といえます。
