大谷高校の教育構造を理解する上で外せないのが、学力や進路目標に応じて明確に区分されたコース設計です。受験界隈で注目を集める京都大谷高校偏差値は、コースごとに大きく乖離しており、同一校でありながら異なる学校生活を送る構造となっています。
最上位に君臨する「バタビアコース・マスター」は、難関国公立大学や医学部現役合格をターゲットとする選抜クラスです。偏差値は65〜67前後に位置し、京都の公立御三家（堀川・西京・嵯峨野）の併願先として多くの優秀層を集めています。授業進度は非常に速く、朝テストや放課後講習が日常的に組み込まれる徹底した進学支援体制が特徴です。
国公立大学から難関私立大学までを幅広く視野に入れる「バタビアコース・コア」は偏差値58〜61前後。部活動と大学受験の両立を目指す生徒が多数派を占めます。在校生へのヒアリングでも「マスターは受験特化の緊張感があるが、コアは部活強豪校らしい活気と勉強のバランスが取れている」という大谷高校バタビアコース評判が定着しています。
一方、生徒の個性伸長や推薦型選抜での進学を主軸とするのが大谷高校京都インテグラルコースです。偏差値は49〜52前後となっており、探究型学習やキャリア教育に注力。関関同立や産近甲龍、系列の大谷大学をはじめとする指定校推薦枠の活用を前提とした層から厚い支持を得ています。
