旅行計画時に最も懸念される「天候」ですが、結論から言うと通常の雨天であれば遊覧船は運休せず、雨合羽やポンチョを着用して通常通り運行します（船内に傘の持ち込み・使用は視界遮断や風煽り防止のため原則不可）。
では、どのような条件下で運休が決まるのでしょうか。運航会社である「大歩危峡まんなか」の安全管理規程によると、運休の判断基準は「雨の有無」ではなく、以下の3つの河川・気象要因によって決定されます。
- 吉野川の水位上昇（増水）：上流域（早明浦ダム等）の降雨によって規定水位を超過した場合。
- 上流ダムの緊急放水：ダム放流による急激な流速の上昇および濁流の発生時。
- 強風・突風警報：峡谷特有のビル風現象により、操船の安全が確保できない基準風速（概ね風速10m/s以上）に達した場合。
山間部の天気は平野部と大きく異なり、現地で雨が降っていなくても上流の山々で大雨が降った場合は増水運休となるケースがあります。逆に、現地が小雨でも川の流れが穏やかであれば何ら問題なく運航されます。当日の朝に出発する際は、「レストラン大歩危峡まんなか」の公式Webサイトまたは電話窓口（0883-84-1211）でリアルタイムの運行状況を直接確認することが失敗を防ぐ鉄則です。
