藤井聡氏の経歴や公的データから確認できる家族構成は、本人・妻・子供からなる世帯です。子供の具体的な人数や性別、学校名についても、防犯およびプライバシーの観点から公表されていません。
生活拠点となる自宅は、研究拠点である京都大学（京都市左京区吉田本町）へのアクセスを考慮した京都市内およびその近郊に構えられていると見られています。東京でのテレビ生放送や政策シンポジウムに頻繁に登壇する多忙なスケジュールの中、日々の基盤はあくまで関西の地に置かれています。
かつて内閣官房参与を務めていた時期には、毎週のように東京と京都を往復する過密日程をこなしていましたが、そうした過酷な生活を長年継続できた背景には、家庭内での円滑な役割分担と妻の強固なサポート体制があったことは間違いありません。テレビで見せる厳格な表情とは裏腹に、家庭内では穏やかで良き家庭人としての一面を持っていることが、折に触れて語られる関係者のエピソードからも伺えます。
