亜熱帯気候特有の急なスコールや梅雨時期において、沖縄こどもの国は「沖縄旅行の雨の日救世主スポット」として重宝されています。屋外の動物園エリアは傘やレインコートが必要になりますが、ワンダーミュージアムは地下2階〜地上1階まで完全屋内空調が効いており、雨脚が強い日でも濡れずに数時間を過ごすことが可能です。
雨の日の賢い回り方としては、雨が小降りの時間帯に屋根付き通路や観察デッキが多い新猛獣舎を巡り、降雨のピーク時にワンダーミュージアムへ避難して知育プログラムに没頭するというハイブリッド型の行動パターンが定石です。
また、冬季（主に12月中旬〜1月上旬）の風物詩として県内最大級の集客を誇るのが、沖縄こどもの国イルミネーションイベント（クリスマスファンタジー等）です。園内全体が数十万球のLEDライトで包まれ、夜空を彩るレーザーショーや音と光のスペクタクル、降雪ショーなど、南国沖縄では極めて珍しい幻想的な夜間エンターテインメントが展開されます。夜間イベント開催時は特別入場料が設定されるため、日中の通常開園と夜間営業のタイムスケジュールを事前に公式サイトで確認しておくことが必須です。
