むじなうどんの命名のルーツは、古くから日本に伝わる慣用句「同じ穴の狢（むじな）」にあります。生物学的にムジナとは主にニホンアナグマを指しますが、地方によってはタヌキやハクビシンと混同されて呼ばれてきました。アナグマが掘った広大な巣穴にタヌキが同居する習性があることから、転じて「一見違っているように見えても、実は同類・仲間であること」を意味する言葉として定着しています。
日本の伝承において、人を化かす代表格といえば「狐（キツネ）」と「狸（タヌキ）」です。油揚げを好むキツネと、天ぷらのタネを抜いた「タネ抜き」が語源とされるタヌキ。この「人を化かす2大動物の具材が、1つの丼（穴）の中に仲良く同居している」様子を、かつての蕎麦屋の店主や粋を好む江戸っ子たちが「これはまさに同じ穴のムジナだな」と面白がり、名付けたのが有力な由来とされています。
単に「きつね・たぬき合盛りうどん」と呼ぶのではなく、古典落語の小噺のような機知（ウィット）を効かせて「むじな」と呼ぶ。そこには、大衆食の中に文化的ユーモアを取り入れて楽しむ、町蕎麦ならではの豊かな遊び心が息づいています。
