プレミアムカークラブの存在価値を決定づけているもう一つの要素が、ポイントプログラムの存在です。駅券売機で現金購入した場合、受け取れるのは使い捨ての磁気切符だけであり、還元は文字通り0％です。しかし、クラブ会員としてWeb決済を行った場合、購入金額に応じたポイントが付与されます。
プレミアムカークラブポイント還元率は、通常時でも利用金額に対して還元（時期やキャンペーン条件により最大10％相当などのボーナス付与も展開）が行われます。貯まったポイントは、次回以降のプレミアムカー券購入時に「1ポイント＝1円」として充当可能です。
仮に、平日毎日大阪〜京都間を通勤し、片道500円のプレミアムカーを月20往復利用したと想定します。月間20,000円の利用となり、数パーセントから十数パーセントの還元を受けるだけで、毎月1,000円〜2,000円相当、年間にして数回分以上の無料乗車に相当するポイントが自動的に手元に残ります。「現金で買い続けること自体が、知らず知らずのうちに損失を生み出している」と言われる所以はここにあります。
