組織壊滅を目指して動く各捜査機関の攻防において、最も複雑かつドラマチックな鍵を握るのが「赤井一家（ファミリー）」と「警察・公安」の面々です。
FBIのエース捜査官である赤井秀一（現在は東都大学大学院生・沖矢昴として工藤邸に潜伏中）を中心に、その母でMI6所属のメアリー・世良、プロ棋士の次男・羽田秀吉、女子高生探偵の末妹・世良真純、そして失踪した父・赤井務武という規格外の一族。彼らはお互いの生存状況や正体を完全に把握しきれておらず、すれ違いのサスペンスが物語を牽引しています。
一方、日本の治安を守る警察庁警備局警備企画課（通称「ゼロ」）の降谷零は、私立探偵・安室透の顔と、黒の組織の幹部・バーボンの顔を使い分けるトリプルフェイスとして暗躍。かつての潜入捜査仲間である諸伏景光（スコッチ）の死を巡り、赤井秀一とは根深い確執を抱えながらも、国家の危機に際しては互いの実力を認め合う緊迫した関係にあります。
警視庁捜査一課の目暮警部、高木刑事、佐藤刑事、白鳥警部らおなじみの刑事たちも、現場の最前線でコナンへの信頼を深めながら事件解決に貢献しています。
