日本国内にはフリーメイソン以外にも、歴史的な背景を持つ団体や伝統的ソサエティが複数存在する。日本に実在する秘密結社一覧として挙げられる代表的な組織は以下の通りだ。
【日本国内に拠点を置く主な友愛・伝統団体】
・日本グランドロッジ（フリーメイソン）：国内最大の友愛団体。全国に傘下ロッジを展開。
・オッドフェローズ（独立オッドフェローズ勲爵士団）：18世紀英国発祥の友愛団体で、日本ロッジも活動。
・ロータリークラブ／ライオンズクラブ：広義の奉仕団体だが、初期の運営形態には友愛結社の構造が色濃く残る。
・玄洋社・黒龍会（歴史的団体）：戦前日本で国権伸張を目指した政治結社。現在は解散または研究対象として扱われる。
では、一般人がこれらの組織に入ることは可能なのか。秘密結社入会条件と審査は極めて厳格かつ民主的に行われる。
フリーメイソンを例にとると、基本原則は「2B1ASK1（To be one, ask one＝会員になりたければ自ら尋ねよ）」であり、組織側からの勧誘は一切行われない。入会希望者は成人男性（※一部の女性ロッジを除く）であり、至高の存在（信仰する宗教は問わない）への信仰心を持つこと、前科がなく善良な市民であることが求められる。提出書類の審査と複数回の面接を経て、最終的に全会員による無記名投票（ブラックボール制度）で満場一致または厳格な基準をクリアしなければ入会は認められない。
