週末や観光シーズンの海ほたるPAで最大のネックとなるのが、海ほたる駐車場混雑です。収容台数は大型車約90台、普通車約400台と大規模ですが、ピーク時には満車状態が続き、本線上まで進入待ちの車列が伸びることがあります。
取材データおよび過去の交通傾向から見ると、下り線（木更津方面）は午前9時から12時、上り線（川崎方面）は房総からの帰り便が集中する午後14時から19時が混雑のピークとなります。この時間帯に突入すると、パーキングに入るだけで30分〜1時間以上の待機時間を要するケースも珍しくありません。
現場で無駄な時間を浪費しないためには、NEXCO東日本の道路交通情報サイト「ドラとら」や公式アプリ、日本道路交通情報センター（JARTIC）が配信する海ほたる混雑状況リアルタイム速報を必ず事前に確認する習慣をつけることが推奨されます。電光掲示板に「海ほたるPA 満車」と表示されている場合、無理に立ち寄らず次のICへ進むか、時間を大きくずらして利用する判断が快適なドライブを左右します。
