鉄道利用を選択する場合、運行ダイヤの構造を把握しておくことが遅延リスク回避の鍵となります。この区間はJR北海道が管轄する区間ですが、木古内方面を結ぶ道南いさりび鉄道 五稜郭 函館の全列車が函館駅まで乗り入れ運行を行っています。
乗客にとって大きなメリットとなるのは、道南いさりび鉄道の普通列車に乗車する場合でも、五稜郭〜函館駅間のみの利用であればJRと同一運賃（250円）が適用され、通常のJR乗車券や交通系ICカード（Kitaca、Suica等）でそのまま乗車できる点です。時刻表を確認する際は、JRの列車だけでなく、いさりび鉄道のダイヤも合算して発車時刻を確認しなければ正確な運行頻度は把握できません。
ただし、冬期の降雪や強風時にはJR函館本線 運行状況に急な変更が生じることがあります。津軽海峡からの突風や大沼方面の豪雪によって長距離列車が遅延すると、駅構内の折り返し運用が乱れ、区間運行の普通列車にも影響が波及します。駅改札口の電光掲示板やJR北海道の運行情報配信をリアルタイムで確認する習慣が不可欠です。
