物語の発端は、安楽死を望む12人の未成年が集う閉鎖された廃病院の多目的ホールに、すでに横たわっていた謎の少年「ゼロ番」の存在です。定員12人のはずの集いに、なぜ見知らぬ少年が先に眠っていたのか。そして彼は本当に死んでいるのか、何者かに殺害されたのかという謎が、参加者たちを疑心暗鬼へと突き落とします。
結論から明かすと、「13人目を殺害した犯人」は存在しません。ベッドに横たわっていた少年・生島（ゼロ番）は死んでおらず、重い持病を抱えたまま過剰な睡眠導入剤を服用したことによる重度の昏睡状態に陥っていただけでした。
生島をあの場所に連れてきたのは、参加者の一人であるアンリ（杉咲花）でした。彼女は実の母親が仕組んだ保険金目当ての放火で弟を亡くし、自身も全身に大火傷を負った過酷な過去を持ちます。「大人のエゴに対する復讐」として集団自死を神聖化させようと目論んだアンリは、植物状態同然だった知人の生島をあらかじめ運び込み、13人目のシンボルとして配置することで、自死の実行を不可逆なものにしようと画策していました。
しかし、高度な洞察力を持つシンジロ（新田真剣佑）やサトシ（高杉真宙）たちの検証によって、生島がまだ呼吸している事実が判明します。誰一人として手を下しておらず、殺人事件という前提そのものが覆された瞬間、閉ざされていた12人の運命が大きく動き始めます。
