別格二十霊場を巡るルートには、「別格単独巡拝」と「八十八ヶ所との併願巡拝（あわせ遍路）」の2つのパターンがあります。
【車遍路の場合の所要日数】
・別格二十霊場単独：約4日〜5日間
・八十八ヶ所＋別格併願（計108ヶ所）：約12日〜14日間
車遍路で巡礼する場合、最も注意すべきは「山岳難所へのアクセス」です。特に第3番・慈眼寺、第7番・出石寺、第13番・仙龍寺、第20番・大瀧寺などは、すれ違いが困難な狭隘路（いわゆる険道・林道）や急勾配が続きます。冬季の積雪や路面凍結、台風後の落石・倒木には十分注意し、小型車を選択するか、運転技術に応じた慎重な走行計画が求められます。
公共交通機関（JR・路線バス・タクシー）を利用する場合は、最寄り駅から距離がある寺院が多いため、単独巡拝でも7日〜10日程度の日程を見込む必要があります。第15番・箸蔵寺のようにロープウェイで登れる寺院もあれば、タクシーの手配が必須となる山深い札所もあるため、事前の時刻表確認と配車予約がスムーズな巡拝の鍵となります。
