日常会話では別種の鳥として扱われがちな両者ですが、鳥類学における生物学的な分類の真相を紐解くと、両者は完全に同一グループに属しています。分類体系において、両者は等しく「鳥綱フクロウ目フクロウ科（Strigidae）」に属しており、学術的に「ここからがフクロウで、ここからがミミズク」という分類基準は設けられていません。
日本においては、頭部に「羽角（うかく）」と呼ばれる耳状の羽毛があるものを「ズク（ミミズク）」、頭部がなだらかな丸い形状のものを「フクロウ」と慣習的に呼び分けてきた歴史的背景があります。「ミミズク」という言葉自体、古語の「ツク（フクロウを指す古語）」に「耳」がついた「耳付く（ミミツク）」が転じたものとされており、あくまで日本人が外見的特徴を捉えて名付けた俗称に過ぎません。
国際的な学術基準や英語表記の違いを見ても、この事実は裏付けられます。英語圏ではフクロウもミミズクも総称して「Owl」と呼びます。もし羽角を持つ個体をあえて区別して表現する場合は、外見の描写を加えて「Great Horned Owl（アメリカワシミミズク）」や「Long-eared Owl（トラフズク）」、あるいは甲高い鳴き声から「Screech Owl」と呼ぶ程度であり、独立した別グループとして扱う概念そのものが存在しないのです。
