どれほど優れた食材であっても、扱い方を誤れば恩恵は半減する。最大の落とし穴は「熱」だ。
納豆特有の酵素であるナットウキナーゼは熱に極めて弱く、50度を超えると活性が低下し、70度以上でほぼ完全に失活する。熱々のご飯の上に納豆を乗せ、そこに冷たいヨーグルトを添えたり混ぜたりすると、酵素の働きを殺しかねない。日本ナットウキナーゼ協会も、その活性を維持するための温度管理には細心の注意を払うよう推奨している。
また、味付けの選択にも注意が必要だ。市販の加糖ヨーグルトや人工甘味料入りのデザートヨーグルトを合わせると、余分な糖質が善玉菌の働きを阻害してしまう。合わせるべきは、砂糖や香料が一切添加されていない「プレーンヨーグルト（無糖）」一択である。
