社殿からさらに石段を下った谷あいに位置するのが、熊野那智大社の別宮である飛瀧神社（ひろうじんじゃ）と、御神体そのものである那智の滝です。落差133メートル、滝壺の水深10メートルにおよぶ直瀑は、毎秒1トン以上もの水が流れ落ち、その轟音と水飛沫は訪れる者の心身を浄化する圧倒的な迫力を誇ります。拝所舞台（参入料あり）まで進むと、滝の延命長寿の御神水を直接口に受ける「お滝水拝受」も体験可能です。
熊野信仰において導きの神として崇められるのが、三本足を持つ八咫烏（やたがらす）です。境内では、交通安全や進路開拓を祈願した「八咫烏お守り」や、愛らしい八咫烏の姿を模した「八咫烏みくじ」が人気を博しています。
また、熊野那智大社の御朱印は、神仏習合の歴史を映し出す力強い筆致が特徴です。本社で授与される本殿の御朱印に加え、別宮・飛瀧神社の御朱印、青岸渡寺の西国巡礼御朱印を揃えることで、那智山全体の霊験を余すところなく持ち帰ることができます。
