スオーナダフェリーを賢く利用する上で絶対に押さえておくべきなのが、各種割引制度の適用条件です。
第一の基本は「往復割引」の活用です。往路乗船時に復路便の乗船券を同時購入することで、復路運賃が10%割引（有効期間：自動車航送券は往路乗船日を含め14日間）となります。突発的な片道利用でなければ、往復チケットを窓口または事前予約で購入するのが鉄則です。
第二に、スオーナダフェリー予約方法とWEB割引の動向です。公式予約システムからの早期オンライン予約や、期間限定の観光周遊キャンペーン企画乗船券が設定される場合があります。特にゴールデンウィーク、お盆、年末年始などの繁忙期は、予約なしでターミナルに到着すると満車で次便（約2〜3時間後）へ回されるリスクが生じます。ウェブまたは電話での事前予約枠を確保しておくことが、時間的損失を防ぐ最大の防衛策です。
また、学生割引（2割引）や身体障害者割引、JAF会員優待（期間限定キャンペーン時など）の対象となるケースもあるため、乗船手続きの際に各種証明書の提示を忘れないよう準備しておくことが重要です。
