椎茸栽培で使用される原木には、主にクヌギとコナラ（ナラ）の2種類があります。どちらを選ぶかによって、収穫できる期間やしいたけの肉厚さが変わってきます。
クヌギは樹皮が厚く、木質が硬いため、菌が材全体に回るまでにやや時間がかかるものの、発生が始まると肉厚で大ぶりな椎茸が育ちやすく、4〜5年以上の長期にわたって収穫が持続する特性を持ちます。対してコナラは樹皮が薄めで菌が回りやすく、植菌後の初収穫が早いというメリットがあり、約3年間にわたって安定した収量を期待できます。
また、初心者が最も注目すべきなのは「未植菌原木＋種駒」の自作スタイルか、すでに種駒が打ち込まれて菌が活着している「植菌済み原木（ほだ木）」のどちらを選ぶかという点です。
未植菌の原木から始める場合、専用の木工用ドリルで穴を開け、木槌で種駒を打ち込む作業自体は楽しい体験ですが、適切な湿度管理を行う「仮伏せ」「本伏せ」を2夏越す必要があり、初収穫まで最短でも約1年半から2年を要します。対して、前年以前にプロの手で種駒が打ち込まれ養生された「原木しいたけ栽培セット」や植菌済み榾木であれば、購入したその年（早ければ数週間〜数ヶ月以内）に最初の収穫を味わうことが可能です。
