水耕栽培を始めた初心者が最も直面しやすいトラブルが、株元から異臭を放ちながら黒ずんでいく「根腐れ」です。水の中に挿しているだけでなぜ腐るのか、その決定的な理由は「土で育った根（土根）」と「水中で育つ根（水根）」の細胞構造の違いにあります。
植物の根は水分を吸い上げるだけでなく、土の隙間に含まれる酸素を取り込んで呼吸を行っています。土の中で形成された土根は緻密な組織を持ち、水中に完全に没すると周囲の溶存酸素をすぐに消費し尽くし、あっという間に窒息状態へ陥ります。園芸専門メディア『農家web』の技術解説でも「植え替えは人間で言えば手術と同じ」と表現されている通り、急激な環境激変は株へ甚大な外科的負荷を与えます。酸欠で細胞が壊死した土根には嫌気性バクテリアが爆発的に繁殖し、これが組織をドロドロに融解させる「ガジュマル水耕栽培の失敗原因」の正体です。
さらに、多くの愛好家が良かれと思って犯してしまう過ちが「容器になみなみと水を注ぐ」行為です。自生するガジュマルは亜熱帯の岩場や樹上に気根を伸ばすほど外気を好む植物。根の全体を水没させると呼吸器官が完全に塞がれ、数日から1週間程度で不可逆的な根腐れを引き起こします。ガジュマル根腐れの防止策において最優先すべきは、水を与えることではなく「根に空気を吸わせるスペースを物理的に確保すること」に尽きます。
