館内を効率よく巡るためには、全体の新宿マルイアネックス フロアガイドと各テナントの性質を把握しておくことが不可欠です。地下1階から地上13階まで、縦長のフロア構造には明確なテーマ性が持たされています。
まず9階から13階を占めるのが、全9スクリーン・約1,800席を備える新宿バルト9です。最新の映像・音響設備はもちろん、舞台挨拶や応援上映、深夜のレイトショー上映まで柔軟なプログラムが組まれており、新宿バルト9 上映スケジュールに合わせて館内の人の流れが大きく変動します。映画の鑑賞前後に同じビル内で買い出しや食事を完結できる利便性は、他の映画館にはない大きな強みです。
8階には新宿マルイアネックス カフェ レストランエリアが広がり、カジュアルな定食から洋食、カフェ業態まで揃っています。映画の半券を提示することで割引やワンドリンクサービスを受けられる「半券サービス」を実施している店舗も多く、鑑賞後の余韻に浸りながら語り合うスポットとして重宝されています。
新宿マルイアネックス 営業時間の基本構成は、物販・サービスフロアが11:00～20:00、8階レストラン街が11:00～22:00（L.O. 21:00～21:30）となっています。ただし、新宿バルト9に関しては早朝上映からレイトショー、特別深夜興行まで独自スケジュールで稼働しているため、後述する専用エレベーター動線の把握がポイントになります。
