本編の完結後、ファンが最も気になっていたのが「主要キャラクターたちのその後」です。白泉社から刊行された『花ざかりの君たちへ Special Edition（愛蔵版）』や特別編『花ざかりの君たちへ After School』では、卒業後の彼らの姿が公式に描かれています。
アメリカへ戻った瑞稀は大学へ進学し、佐野も日本の大学で陸上を継続。二人は国境を越えた遠距離恋愛を育み続け、番外編では佐野がアメリカを訪れて瑞稀と再会する甘いエピソードや、将来的な結婚を想起させる幸福なエピソードが描かれました。
また、気になる中津秀一のその後については、持ち前の高い運動能力を活かしてプロサッカー選手への道を歩んでいます。持ち前の明るさと熱血さでサポーターから愛されるスター選手へと成長し、失恋の痛手を乗り越えて自分の夢を力強く掴み取っていく姿が描かれ、中津推しのファンを大いに安心させました。
さらに、寮長の難波南がモデルとして活躍しつつ大人の色気を増していたり、萱島大湖が持ち前の霊感を活かした道へ進んでいたりと、桜咲学園の卒業生たちがそれぞれの個性を活かして社会で輝いている姿は、連載終了から年月が経った今読んでも色褪せない爽快感を与えてくれます。
