マイカーやバイクで乗船するドライバーにとって、最も神経を使うのが待機場所への進入路です。カーナビの案内に従って「ATC」を目的地に設定すると、大半のナビは地下の一般商業駐車場へ誘導してしまいます。
しかし、フェリー乗船車両が一般客用の地下駐車場に入ってしまうと、車高制限に引っかかるだけでなく、待機場へ抜け出せなくなりタイムロスを招きます。車両航送乗船待機場ルートは、ATCの外周道路沿い、咲洲（さきしま）の海側に位置する専用入口から進入しなければなりません。一般道から分岐する「さんふらわあ乗船車両待機場」という青い大型看板を見逃さず、専用ゲートをくぐる必要があります。
さらに見過ごされがちなのが、出港時間チェックイン何分前に待機場へ到着すべきかという問題です。別府航路乗船手続きにおいて、公式には「出港60分前までの手続き完了」が義務付けられていますが、現場の実態としては出港90分前の待機場入りが現実的なボーダーラインとなります。週末や大型連休には同乗者の下船誘導や車検証の確認列が長蛇の列を作り、60分前に到着したのでは手続き完了が締切間際までずれ込む危険性があるためです。
車をターミナルに駐車し、徒歩で往復クルーズを楽しむ旅行者が頭を悩ませるのが大阪南港ATC駐車場料金です。ATCの一般駐車場は平日と土日祝で最大料金の体系が異なり、連泊利用時の上限適用ルールがあらかじめ細かく規定されています。数日間の駐車を予定している場合、提携割引の有無や連泊適用条件を把握しておかなければ、下船後に数万円単位の高額精算を迫られるリスクが存在します。
