会話の中で「it」が「that」に置き換わった「Does that make sense?」を耳にすることも多いはずです。両者の違いはごくわずかで、日常会話ではほぼ同義として扱われます。
厳密に分類すると、「it」は今まさに話している全体の流れや文脈を指し、「that」は直前に提示した特定のアイデアや具体的な提案を指す傾向があります。どちらを使っても失礼にあたることはありません。
肯定の相づちとして使われる「That makes sense」についても押さえておく必要があります。「なるほど、そういうことですね」「納得です」「筋が通っていますね」という意味の英語表現として、相手の意見に同意・共感を示す際の必須フレーズです。主語を省略してカジュアルに「Makes sense.」とだけ返すスタイルもネイティブの間で定着しています。