専門学校選びで最も現実的な検討課題となるのが学費です。札幌看護医療専門学校の初年度納入金は約130万〜150万円、3年間の総学費は約350万〜400万円前後（教科書代・実習ユニフォーム代・諸経費等を含む）となっています。
札幌市内の看護専門学校における学費比較を行うと、公立系（市立・道立）の学校よりは私立のため高めの設定ですが、道内の私立医療系専門学校としては標準的な価格帯です。重要なのは、負担を抑えるための充実した奨学金制度です。
同校では、国による「高等教育の修学支援新制度（給付型奨学金・授業料等減免）」の対象校となっているほか、提携病院が卒業後の勤務を条件に学費を肩代わりする病院奨学金制度を広く活用できます。これにより、実質的な自己負担を大幅に抑えて卒業・資格取得を目指す学生が少なくありません。
