トーマスが非業の死を遂げたのは、原作コミックス第1巻の第4話「初陣」（第5話冒頭にかけて描写）、TVアニメ版では第1期の第5話「初陣 -トロスト区攻防戦①-」です。壁の上で超大型巨人と遭遇した直後、第104期訓練兵団を卒業したばかりの少年少女たちは、突如として現実の地獄へと叩き落とされました。
トーマスが配属されたのは、前衛の迎撃を任された第104期訓練兵団 第34班でした。班長の訓練兵を中心に、以下の6名で構成されていた精鋭小隊です。
【第34班の編成メンバー】
・エレン・イェーガー
・アルミン・アルレルト
・トーマス・ワグナー
・ミーナ・カロライナ
・ミリウス・ゼルムスキー
・ナック・ティアス
訓練課程を優秀な成績で終え、実戦への高揚感と恐怖が入り混じるなか、街中を進軍していた第34班の前に信じがたい光景が現れます。建物の陰から異様な軌道で跳躍してきた巨大な奇行種が、隊列の先頭を飛んでいたトーマスめがけて一直線に飛びかかったのです。
立体機動装置での退避行動を取る間もなく、トーマスは空中で捕らえられ、奇行種の大きな顎のなかに頭からすっぽりと吸い込まれました。咀嚼される激しい音ではなく、喉仏を通過する異様な嚥下音とともに飲み込まれていくその瞬間は、アニメ第1期放送時にもお茶の間に凄まじい衝撃とトラウマを植え付けました。
