めぐろパーシモンホールのメイン施設である大ホールのキャパシティは1,200席（1階席855席、2階席345席）。規模としては中大ホールに分類されますが、ステージと客席の一体感を強く味わえる設計が最大の特徴です。
1階席は前後の座席配置に緩やかなスロープと段差が設けられており、前の人の頭が視界を遮りにくい構造になっています。特に1階中通路（13列目付近）から後方にかけてはしっかりとした傾斜があり、舞台全体を見渡すミュージカルやバレエ、オーケストラ鑑賞にうってつけです。臨場感を最優先したい場合は1階前方列（1〜7列目）がおすすめですが、オーケストラの全体バランスや舞台美術の奥行きを堪能するなら8〜15列目のセンターブロックがベストポジションと言えます。
2階席は舞台へせり出すようなバルコニー風の形状を採用しており、ステージまでの体感距離が非常に近く感じられます。「2階席の後方列であってもステージ上の演者の表情や細かな指の動きまでオペラグラスなしで見通しやすい」という来場者の声が多く、コストパフォーマンスの高い良席としてリピーターに知られています。
一方、小ホールの収容人数は最大200席。可動式のロールバックチェアを備えたフラットな平土間形式で、室内楽、ピアノリサイタル、落語、朗読劇、アコースティックライブなどに活用されています。演者との距離がわずか数メートルという圧倒的な近さで、息づかいまでダイレクトに伝わる贅沢な空間です。
