札幌地下鉄を利用する上で最大の難所となるのが、3路線すべてが接続するメガステーション「大通駅」の立体構造です。乗り換え階段の選択を誤ると、重い荷物を抱えて地下通路を数百メートルも彷徨うことになります。
大通駅の地下構造は、地下1階が改札口およびコンコース、地下2階に南北線ホーム（相対式）と東西線ホーム（島式）、そして地下3階の最も深い位置に東豊線ホーム（島式）が配置されています。乗り換え時の鉄則は以下の通りです。
・南北線 ⇔ 東西線の乗り換え：ホーム中央付近にある直通連絡階段を利用すれば、わずか1〜2分でスムーズに移動可能です。
・東豊線への乗り換え：東豊線ホームは南北線・東西線から東側へ約200メートル以上離れた地下深くに位置しています。東西線側からの連絡通路（動く歩道あり）を経由すると比較的平坦ですが、南北線からの乗り換えは移動に最低でも4〜6分程度の余裕を見込む必要があります。
ベビーカーや車いす、大型スーツケース携行時の「エレベーター位置」にも事前の把握が欠かせません。大通駅では各線のホーム中央から地下1階コンコース階へ上がる直通エレベーターが整備されていますが、東豊線連絡通路周辺は段差回避のスロープ動線がやや長くなる傾向にあります。構内案内サインの「黄色い車いす・エレベーターマーク」に沿って進むのが最も確実です。
また、さっぽろ駅と大通駅の間（約520メートル）を移動する場合、地下鉄1区間（運賃210円）を乗るべきか、地下歩行空間「チカホ」を歩くべきかの判断が分かれます。現場の検証データでは、地下鉄のホーム昇降待ち時間や列車待ち時間を考慮すると、チカホを徒歩で移動（所要約7〜9分）した方が実質的な所要時間が短く、運賃の節約にもつながるケースが多々あります。気候が完全に遮断された暖房完備のチカホは、都心部の移動において極めて強力な選択肢です。
